Die sogenannten Antihistaminika sind juckreizlindernde Tabletten (bzw. Tropfen oder Sirup), die weite Verbreitung in der Behandlung des "Heuschnupfens" haben. Sie blockieren eine Proteinstruktur in Körperzellen, die den juckreizvermittelnden Botenstoff Histamin aufnimmt und verhindern somit dessen Wirkung. Die älteren schlaffördernden Anthistaminika (Wirkstoffe z.B. Clemastin, Dimetinden) wirken besonders über die Durchbrechung des Juckreiz-Kratz-Zirkels. Sie können somit gut am Abend angewandt werden. Für die Tageszeit empfiehlt sich der Versuch mit einem modernen, nicht ermüdenden, sogenannten "Tagesantihistaminikum" (Wirkstoffe z.B. Cetirizin, Loratadin, Levocetirizin, Desloratadin, Fexofenadin, Mizolastin, Ebastin). Neben der Blockierung des "Histamin-Rezeptors" bewirken die neuen Antihistaminika zusätzlich eine Hemmung der Freisetzung von entzündungsfördernden Stoffen (z.B. Leukotriene und Prostaglandine) aus den sogenannten Mastzellen. Mastzellen sind Abwehrzellen des Körpers und speichern Substanzen, die bei bestimmten Reaktionen wie z.B. einer Allergie freigesetzt werden.
Bei starker bakterieller Besiedelung der neurodermitischen Haut sollte eine innerliche Behandlung mit Antibiotika erfolgen. Einer der Hauptauslöser von Infektionen der Neurodermitishaut ist das Bakterium "Staphylokokkus aureus". Hinweis auf eine Besiedelung der Haut mit Bakterien kann das Auftreten von honiggelb-orangen Krusten sein. Bei dem Verdacht auf eine bakterielle Infektion wird der Arzt mit einem Wattetupfer einen "Abstrich" entnehmen. In einem Labor werden die Erreger dann gezüchtet. Somit kann bestimmt werden, um welchen Keim es sich handelt und mit welchem Antibiotikum behandelt werden kann.
Während eines akuten Schubes der Neurodermitis ist der innerliche Einsatz von Kortison eine Behandlungsmethode, die häufig eine rasch einsetzende Juckreizlinderung und eine Abheilung der Hautveränderungen bewirkt. Kortison kann in Tablettenform entweder als kurzzeitige "Stoßtherapie" zumeist über maximal 5 Tage, oder über mehrere Wochen in schrittweise absteigender Dosierung gegeben werden. Aufgrund der möglichen Wachstumshemmung und weiteren Nebenwirkungen ist von einer langfristigen Kortisongabe bei Kindern möglichst abzusehen.
Den schweren Neurodermitisfällen, die auf die üblichen Behandlungsverfahren nicht ansprechen, sind immunreaktions-unterdrückende Substanzen wie z.B. Cyclosporin A vorbehalten. Diese Substanz findet breite Verwendung in der Behandlung von Autoimmunerkrankungen und bei transplantierten Patienten zur Unterdrückung einer Abstoßungsreaktion. Die "Immunsuppressiva" wie Cyclosporin A unterbrechen den Signalweg in den Immunzellen des Körpers und verhindern somit die Freisetzung entzündungsfördernder Botenstoffe. Sowohl die Blutdruckwerte als auch die Nierenfunktion müssen unter der Therapie engmaschig überwacht werden, da der Wirkstoff Nierenschäden verursachen kann. Die Rate der Patienten, die nicht auf eine Cyclosporintherapie ansprechen, wird lediglich mit 7% angegeben (Quelle Berth-Jones J. Br J Dermatol 136: 76-81 nach Hautarzt 10/2003). Nach entsprechend intensiver Voruntersuchung ist eine solche Behandlung auch im Kindesalter möglich. Wegen des möglichen Ausbleibens eines Impferfolges ist unter der Behandlung jedoch von Schutzimpfungen abzuraten. Nach Absetzen des Cyclosporins wurden häufig neue Neurodermitisschübe beobachtet.
Mit Mycophenolatmofetil steht ein weiterer erfolgversprechender Wirkstoff zur Verfügung. Die Wirkung wird als mit dem Ciclosporin A vergleichbar eingestuft, die Substanz gilt jedoch weder als leber- noch als nierenschädigend. Eine Zulassung zur Behandlung der Neurodermitis besteht (noch) nicht.
Azathioprin wird in Deutschland vor allem in der Behandlung schwerer blasenbildender Erkrankungen eingesetzt. Im Ausland (USA, Großbritannien) findet es auch Anwendung bei der schweren Neurodermitis. In Studien konnte die Wirksamkeit nachgewiesen werden, wobei jedoch unerwünschte Wirkungen, unter anderem am Magen-Darmtrakt, viele Patienten von der Therapie ausschlossen. Besonders mögliche Unverträglichkeiten für die Leber und Blutbildveränderungen machen engmaschige Blutuntersuchungen erforderlich. Auch für Azathioprin gibt es in Deutschland keine Zulassung zur Behandlung der Neurodermitis.
Leukotrienantagonisten (Wirkstoff Montelukast, in einigen europäischen Ländern auch Zafirlukast) sind bereits zur Therapie des allergischen Asthma zugelassen. Erste Studien lassen jedoch erwarten, dass diese Substanzgruppe auf Grund ihrer entzündungshemmenden Wirkung auch in der Behandlung der Neurodermitis effektiv sein könnte.